通过“根”部的五项测试后，宇智波祭正式加入了“根”部。
进入“根”部的第一个月，宇智波祭每天都在接受“根”部安排的的诸多训练。
思想训练、体术训练、忍术训练、幻术训练……
每一天艰苦的训练，都会令宇智波祭在半夜回到家后感觉浑身的酸痛和疲惫。
而自来也，这个曾经的老师，并没有像宇智波祭想象的那样放弃自己。相反，每天半夜，自来也都会在房门前留一盏灯，打开家门后，扑面而来的，是餐桌上饭菜的喷香。
由于白天都会待在“根”部基地，一个月来宇智波祭根本没有机会见到白天的阳光。而自来也，在宇智波祭回家后，不是外出执行任务，便是卧躺在床上，早已睡下。
而宇智波祭年满十六岁后，便搬离了自来也的房屋，独自居住在一栋简易的公寓内。当然，这就是后话了。
度过了漫长的一个月后，宇智波祭终于赢来了自己的第一个任务。
此后，除了在“根”部基地接受训练，宇智波祭便一直在世界各地执行着各种各样的绝密任务。
刺杀、绑架、偷取情报……
这期间，宇智波祭经历了无数死战。
凭借柱间细胞发挥出的强大的生命力，每一次死战，宇智波祭都化险为夷。
就这样，“根”部的功名册中，一个编号为03406的人的数据不断更新着：
S级任务：107次
A级任务254次
任务总次数：361次
任务成功率：96.7%
……
不知不觉中，宇智波祭已经为“根”部执行了361次任务了，而96.7%的任务成功率，力压多名“根”部精英，位列“根”部第一。
五年间，宇智波祭不仅被授予了“上忍”的称号，更是成为了“根”部为数不多的分队长。
同样，五年间，宇智波祭翻阅了“根”部上千支记载各种忍术、体术、禁术（少部分公开的、供暗部根部忍者使用的）、忍具使用方法的卷轴，掌握了许许多多曾经觊觎过的忍术和禁术。
过分地沉浸工作，不过是为了更好地忘记羁绊。
五年间，即使是在大街上碰见波风水门等人，宇智波祭（戴着面具）也会装作不认识他们，悄悄离开。
而对于千本木子，宇智波祭心中充满了愧疚。
因为工作的保密性，宇智波祭根本不会有多少机会见到这个自己曾经日夜牵挂着的女子。同样，为了千本木子的安全，宇智波祭也刻意躲避着千本木子。
宇智波祭不知道的是，五年间，三代火影可是没少找志村团藏要人。
然而，每一次，志村团藏都会以各种各样的理由拒绝三代火影的“非分”要求。
毕竟，作为一个掌握木遁、实力高强的忍者，宇智波祭已经成为“根”部一名不可多得的人才了。
不过，对于宇智波祭，志村团藏还是不可避免地保持了警惕。
由于大蛇丸的干涉，宇智波祭并没有被志村团藏种下“舌祸根绝之印”。这也使得宇智波祭在“根”部的五年间并不被志村团藏所信任。
像是“联合半藏逼死弥彦”这种任务，志村团藏便没有带上已经成为“根”部分队长的宇智波祭。
而随着宇智波祭的实力越来越强，志村团藏对宇智波祭的忌惮逐渐增大。