明成祖朱棣定都北京之初，利用旧有官舍作为各衙门办事的处所，多散处城区，杂然无序。明英宗正统七年四月(1442年5月)，始在大明门(清时称大清门，在正阳门内。解放后已拆除)东，新建许多官署。太医院署也在这里修建。清代太医院因明署之旧继续设于该处。其确切地点是在天|安门前、钦天监之南，礼部正东，即现在的东交民巷西口路北附近。该院有大门三座，均向西。对面是照壁，有黑漆书写“太医院”三字的朱色立额。大门前为门役的住房。左为“土地祠”(面向北)，右为“听差处”(面向南)。署内有大堂五间，是主要的活动场所，其中悬挂着康熙御赐院判黄运诗：“神圣岂能再，调方最近情。存诚慎药性，仁术尽平生。”大堂左侧，有南厅三间，是御医办公的处所。大堂右侧是北厅。后面是先医庙，门称棂星，内门称咸济，殿名景惠，南向，殿内供奉着伏羲、神农、黄帝的塑像，有康熙御书“永济群生”匾额。先医庙外北向者为药王庙。庙里有铜人像。连接大堂的过厅是二堂，后面还有三堂五间。
太医院署址的变迁之清朝
光绪二十七年(1901年)，帝国主义强迫清政府签订《辛丑条约》，把东交民巷划为使馆区，使馆区范围内的中国衙署都必须迁走。太医院一时找不到新去处，只得暂借东安门大街御医白文寿宅第应差。不久，太医院又暂移北池子大悲观音院。光绪二十八年(1902年)，才于地安门外皇城根、兵仗局东，另建新太医院，三年竣工(此址辛亥革命后，改为私立两吉女子中学)。大门三间，随门有房，西为听差茶房东为科房。东有土地祠一间；西有铜神庙一间。宜门内，东西厅各五间，是御医以下医官办公的地方。正北为大堂。后院是二堂，沿用原名仍称“诚慎堂”。院内东房三间是“首领厅”，西房三间是“医学馆”，东耳房二间是“庶务处”，西耳房二间是“教习室”，北面还有诸生自修室。这个太医院新署，现在遗址尚存。即今北京市东城区地安门东大170地安门东大街太医院二堂街一百十一号北京三十二中工厂和一百一十三号文物局家属宿舍。大堂已拆建，但仍能看见当年的础石。二堂及东西厅房均保留着原来的建筑，只是已成住房。但是从这些建筑中，可以想象到当年太医院那种森严华贵，神秘莫测的情景。
太医院的文物
明太医院的三皇庙内，曾有元元贞年间(1295－1296年)所镌、宋王惟德撰《铜人睮穴针灸图经》全文的石刻，其碑之题篆为宋仁宗的御书。石刻是元惠宗至元年间(1335—1340年)自汴梁(今开封)移到这里的。
王惟德，又名王惟一，是宋代著名针灸学家，曾任翰林医官、殿中省尚药奉御。天圣初年，奉命编修针灸书籍，他对古医书中有关针灸的记载和针灸图式详加考订，并对历代医家的针灸实践进行系统总结，于天圣四年(1026年)编成《铜人睮穴针灸图经》三卷。天圣七丰(1029年)由政府颁行全国，作为学习针灸及临证取穴的标准。他还设计并主持铸造明堂针灸铜人两具。铜人的躯体、脏腑可分可合，体表用金字标有针灸穴位名称，穴孔处涂以黄蜡，里面是空的，可注水。如果按针灸分寸正确进针，里面的水，便可自孔穴流出，否则不能刺入。它是当时作为针灸教学和考试医生用的。
两具铜人，在战乱中失落其一，所存一具，藏于明太医院的药王庙里，但这具铜人，是经元世祖至元年间(1264—1294年)重新修铸过的。这些前朝遗物，因年代久远，到了明英宗正统年间(1436—1449年)，石刻字迹已漫漶不清，铜像睮穴也已昏暗莫辨。明英宗命令新建太医院时，砻石范铜，重修《针灸图经》石刻和仿铸针灸铜人，置于院署，以供法式。明嘉靖时，针灸学家高武曾铸有铜人三具，男妇童子各一。明万历中，医官杨继洲，又于太医院铸铜人一具。所以自北宋以来，先后共有针灸铜人七具。清末地安门外太医院新署“铜神庙”内供置的不知是哪一具铜人。
太医院的沿革及其制度
供奉于内廷的医师或医疗机构，我国自古已有，但其职官设置及其体制，各朝之间互有异同。周官有医师上士、下士，掌医之政令。秦置太医令。西汉时太常、少府都有太医令。属太常者为百官治病，属少府者为宫廷治病。东汉、曹魏沿置。隋唐设太医署，其主管官员为太医署令。宋有医官院，金代始改名太医院，其长官为提点。元代亦称太医院。明、清两朝相沿。
明代太医院编辑
明代宫廷除为皇帝服务的御药房外，还设有专为皇太子、后宫嫔妃和王府服务的医疗机构。
御药局和御药房
清代的太医院，制度大体如下：
清代的太医院，制度大体如下：
机构及品服
机构及品服
康熙十年(1671年)决定，御药房不再隶属太医院，直接划归内务府，这是个较大的变动。御药房直接划归内务府后，其所需之药品，每月两次，按应用的种类、数目，则径向太医院传取。每三个月，缮折奏销一次。至于御药房配制药物所用的食品、树枝及用具等，则向有关司署传用。如所用红枣、胶枣、荔枝、龙眼等，行掌仪司(掌内庭礼乐之事，并考核太监品级)；兔雀等，行都虞司(总管内府山泽之事)，等等。