电影大话西游第二部的有些内容是没有交代的，比如至尊宝和紫霞在小城分离之后去干什么了，孙悟空又在这段时间又干了什么，牛魔王为什么会认为至尊宝是孙悟空呢？
下面根据三条线索讲，一条是紫霞仙子，一条是至尊宝，一条是孙悟空！
首先电影开头，回到五百年前的至尊宝在洞口撞见了从西天逃跑的如来佛祖座下日月神灯灯芯-紫霞仙子。紫霞仙子来到水帘洞，听闻至尊宝说这里应该是盘丝洞，于是将此处命名盘丝洞，原来紫霞仙子即是日后的盘丝大仙。紫霞仙子抢走了至尊宝手上的月光宝盒占为己有。而被脚掌上了三颗痣的孙悟空，这才意识到自己是孙悟空转世。
但是至尊宝不愿意相信，也不愿意接受自己是孙悟空转世。他为了回到五百年后，找寻自己的妻子白晶晶想方设法跟紫霞青霞要月光宝盒，于是就有了沙漠中的戏份，紫霞发现至尊宝是上天安排的意中人。
紫霞爱上至尊宝并提议一起去市集走走，已然爱上至尊宝的紫霞仙子为了验证至尊宝对她的花言巧语，跑进至尊宝心里看他的良心，然而至尊宝的良心告诉紫霞仙子原来至尊宝最爱的是白晶晶，紫霞仙子在至尊宝的良心里留下一滴伤心的眼泪后悲痛离去…
与此同时，这个世界的孙悟空和牛魔王计划着抓了唐僧吃掉他长生不老，但是计划泄露被观世音菩萨发现。观世音菩萨开始追杀孙悟空。
在追杀的这段时间里面，孙悟空遇到了伤心离去独自一人走在沙漠中的紫霞仙子或者是青霞仙子，发现她身上有月光宝盒，于是打伤了她并夺走了月光宝盒。紫霞仙子或者青霞仙子身受重伤晕倒在沙漠当中。
孙悟空抢夺月光宝盒，以为自己可以穿梭时空逃脱追杀，但是由于月光宝盒是由神界操控的，他根本无法使用，所以孙悟空以为月光宝盒坏了，既然逃脱不了，恼羞成怒的他，只能和观音在沙漠中进行战斗。
与此同时，至尊宝漫无目的的游荡，于是在刻意的安排下，他看到三颗流星坠毁在沙漠里，前去观看，却发现是观音，唐僧，孙悟空三个人。
这里也就是第一部电影开头，A时空的一幕。但是现在是B时空，是由神界计划了五百年的时空。一番打斗之后，孙悟空被降服，唐僧准备舍生取义，救下孙悟空。让他轮回转世。但是至尊宝出现了。
阴差阳错中，他自己被打晕过去，而唐僧却被月光宝盒传送走了。这正是神界安排的，于是自然而然孙悟空被消灭，留下这个世界的至尊宝。
这段时间里面，晕倒在沙漠中的紫霞仙子或者青霞仙子，被路过沙漠的牛魔王看见，救治好带回去。可能是为了报答救命之恩，也可能是被情所伤。紫霞决定和牛魔王成亲。
而与此同时，经过一番安排之后，至尊宝又和手持月光宝盒穿梭时空回来的唐僧相遇。八戒和沙僧也找到了师傅。
八戒，沙僧，和唐僧将至尊宝当作已被观音收服的孙悟空。电影中很难看出唐僧是否也清楚神界的计划，可能只有亲自参与计划的人才知道。
“师徒四人”走到了一起，于此同时牛魔王也找到孙悟空要唐僧肉吃，牛魔王以为至尊宝就是孙悟空，遵循了之前的约定，如约将唐僧送来，大喜过望。他抓住唐僧，拿走了月光宝盒。带着至尊宝一起回到了洞府。并把自己的妹妹牛香香许配给孙悟空。
所有的人物都汇聚到了一起，神界的计划正在一步一步展开。至尊宝，紫霞青霞，牛魔王，铁扇公主，牛香香，唐僧，猪八戒，沙僧。