空中的血战还在继续上演着，GDI的攻击机群已经被打的体无完肤。可他们的牺牲成功的分散了海面舰艇的注意力，使得那些偷偷飞过来的无人侦察机得以有机会将其发现的重要数据传送回来。
当水面上被包围的GDI舰队完全锁定敌人具体位置时，一场大规模反击作战就此开始。很快大量的鱼叉10型重型超高音速反舰导弹从驱逐舰与巡洋舰的垂直导弹发射系统中毫不停歇的发射了出去，而这些攻击速度可以达到十马赫以上反舰飞弹轻而易举的突破了层层拦截，最终成功的命中了它们所选中的目标。
不论是遭袭舰队所发射的数千枚拦截飞弹，还是被命中战船近防炮最后的疯狂怒吼，都无法改变鱼叉导弹成功摧毁一艘有一艘大型舰艇的决心。这场战斗中除了四艘加装了大型护盾系统的航母凭借着它所产生的能量立场勉强挡住这些近乎疯狂的GDI飞弹无解袭击，其余被瞄上的作战舰艇恐怕只有等着挨宰的份了！
GDI舰队的这一次导弹攻势再一次带走了将近两百多艘各型战舰的生命，不过同对方朱沃特驱逐舰上装备的155毫米电磁轨道炮所取得的成就相比，似乎这些战果也并非多么的辉煌耀眼。当这种新式火炮将一枚枚20千克重，长约一米的实心钢弹以每秒超过2500米的初速打向一百海里外的目标时，一场由舰炮引发的大灾难就此开始！面对这种射速快，威力大，命中精度高的鬼畜火炮，任何传统的拦截手段都变得毫无意义可言。
这种以强大动能为毁伤机理的炮弹，可以向菜刀切豆腐一样轻松的贯穿大型作战舰艇的外层装甲，并对战舰的内部造成不可修复的结构性破坏。在这宛如流星雨一般极度密集的炮弹打击下，数十艘机动性较差的无畏级导弹巡洋舰成为了这些实体钢芯弹的最佳活靶子，很快就被这些炮弹打成一堆堆的蜂窝煤，随后在被打烂的巡航导弹所引起的连锁爆炸中迅速解体沉没。
不过这场袭击却随着各地的GDI战机的覆灭宣告彻底结束，反应过来的神罚战机和大量舰载防空武器让那些飞行速度慢的可以的侦查无人机成为了狩猎场上最好标靶。于是一场猎杀火鸡的行动在广阔的大海中上演了！当这些天空的中的眼睛都被戳瞎后，那些原本很有精准的磁轨炮越打准头越差，命中率越来越不靠谱。最终在消耗了十几万炮弹后，为了继续作战不得不匆匆结束。
诚然如果这支GDI舰队得到了太空中间谍卫星配合，派去的无人机没有被导弹炸成了无数火鸡，也许光靠这些射程超过一百公里的电磁轨道炮足以杀出一条血路出来。不过这个世界上没有那么多的如果，战争从来就不是公平合理的行为！
水面上的战斗还在继续激烈进行，而此刻水下的混战也已经到了收尾阶段。由于双方的武器科技上的巨大差距，导致这场水下猎杀战从一开始李峰这头就陷入了极大的劣势。面对GDI不过三十几艘运用仿生科技制造出来的犹他州级攻击型核潜艇，埋伏在水下超过其数百倍潜艇部队硬是不能奈何其分毫。
对方的攻击型核潜艇可以凭借着被动声呐成功的锁定我方目标并用其装备的大量线导鱼雷进行着一场毫无顾忌的疯狂屠杀。可我方的主动声呐偏偏就是难以及时捕捉到敌军潜艇的身影，往往发现对方是，敌人凭借着自身速度上的优势，早就跑出去好几海里了。而且就算你侥幸锁定了目标，可发射过去的鱼雷能否打到你想要打的东西还要看看你的运气是不是够幸运的。随后双方在水下互射了十几轮也未能见出分晓。
搞得最后李峰干脆就懒得和这些敌人玩捉迷藏了，直接让己方潜艇守好四个方向困住对手，随后派出上千架反潜巡逻机发射大量智能鱼雷伴随着几百艘反潜护卫舰所发射无数深水炸弹，开始了一场对目标海域大范围的覆盖性攻击。在这种不计弹药损耗的打击下，GDI核潜艇部队终于有些扛不住了。毕竟自己就算性能再好，隐蔽性再强，可里面的人那里受得了这么高强度的折腾啊！在这么打下去就算潜艇不被击毁，人也要被逼疯累死了。
随着包围圈的不断缩减，对方潜艇部队可供机动的迂回空间越来越小。而长时间高强度的躲避，也让艇员们从精神到肉体上都消耗极大。不过比起体力上的巨大损耗，精神上的高度紧张以及随时可能变成沙丁鱼罐头{压成肉饼}的恐惧最终让这些素质过硬艇员中某些人的理智彻底失去了控制。为了能够活下去，几乎每一艘GDI核潜艇都发生了武装夺权事件。其中有的彻底成功了，当然也有的一败涂地。成功者自然是上浮投降，而那些政变的失败者也不是毫无贡献，毕竟他们造成的混乱让反潜工作变得更容易了一点.........。
双方的大混战还在继续激烈进行着，被包围的GDI舰队所发出的求救信号从袭击开始后就一直没停过，只不过他们并不清楚自己所发出的那些要命的信息早就被诺亚给无害化处理了。直到这些人战败投降，也没有收到总部的一丝回复。
与此同时作为这次作战计划的制定者李峰此刻鸭梨山大。毕竟这次计划欺骗的时间十分有限，从计划开始到现在距离影片播放完毕的时间不过还剩下5个小时，而两支增援舰队正常到达上海的时间也只剩下不到3个小时。也就是说如果2个小时以内在搞不定这些被包围的GDI舰队，那么恐怕自己所制定的栽赃陷害计划恐怕就要彻底露馅了。
在这种情况下，李峰不得不动用了刚刚完成改造的大量新式战舰。于是那些以舰炮为主战兵器的超改将军级战列舰就被直接传送到了距离GDI舰队不到10海里的范围内，随后一场刺刀见红的近距离舰炮对射在此开始上演。
面对射速极快，打的相当精准的155毫米电磁轨道炮。突入的将军战列舰队遭到了不小的损失，虽说使用了纳米钢装甲的战舰主体结构损坏并不致命，可其表面上安装的各种电子设施与火控雷达在敌方磁轨炮的打击下就没那么幸运了。
不过GDI舰队遭到的损失可要比报销一些设备严重的多了，400毫米白田能量炮发射的离子燃烧弹可不是盖的，很快那些敢于和将军战列舰对射的朱沃特驱逐舰就发现自己的选择是多么的错误。在将军级战舰重型能量炮致命的打击下，没有任何一艘驱逐舰可以抗住一发离子燃烧弹所造成的巨大破坏，将军射程之内，到处都是漂浮在水面上燃烧的巨大火炬！即使高达两万多吨核动力巡洋舰在如此近距离的急促射击下，也不过是多挨上几发而已。
在这些战列舰大杀四方所向披靡时，进行封锁包围的大批主力战舰与空军战机也借此机会开始对这些处于瓮中之鳖的GDI舰队发动了新一轮的全面打击!在这种远近同时开工，各种攻击手段一应俱全的疯狂攻势下，两支GDI舰队指挥官在作战舰艇损失殆尽，运输舰队的50多万地面作战部队命悬一线，向总部求援毫无回应，以及突围就是作死的总总原因之下，不得不下达了全面放弃抵抗的作战命令。
虽然这支强大的GDI舰队取得了骄人的战绩，干掉了包围自己的神秘舰队超过一千三百多艘各型作战舰艇。可此刻原本拥有三百多艘作战舰艇的庞大远征舰队，除了甲板上空空如也的四艘GDS帕特超级航母外，就只剩下三艘朱沃特驱逐舰还能继续进行战斗了。而其它的作战舰艇就没那么幸运了，它们要么沉入海底成为了一堆人造珊瑚礁，要么遭到重创即将加入先辈们的行列。虽然有的战舰并未受到多大的损坏，可是问题在于战舰上的那点弹药早就在之前的战斗中消耗殆尽了............。
当GDI舰队现最高舰队指挥官肯特海军中将{第七舰队那货已经被十几发鱼雷送到水下喂海龟了........！}，增援部队陆军司令官埃尔文中将通过明码表明放弃抵抗无条件投降时，这场持续了将近8个小时的大混战终于宣告彻底结束。不过这场大规模的海上决战让原本数量庞大的堡垒舰队一下子少了一大半作战力量{由神罚战机组成的海军航空兵阵亡75人，失踪12人}，而剩下的那些战舰中绝大部分也需要进行大修维护。还好这些战舰都是机器人控制，要是换成人类士兵的话，天知道要死多少人呢！
同时这场大战暴漏出的诸多问题也让李峰意识到了科学技术与部队武器合理配置在一场战争中所发挥的作用何其巨大，并从此深刻的认识到了二十一世纪初期的大部分武器装备已经并不适合今后的作战行动。
虽然对方所使用的不过是二十一世纪中期的产品，可从作战画面中，李峰可以清楚的看到双方战力差距是何其巨大。要不是最后动用了由超改将军战舰组成的炮击编队进行致命一击，恐怕想要在2小时以内解决对方还真不是件容易的事情。
整场战斗优势明明尽在手中，可实际所取得的战果却又是如此的惨不忍睹。虽说战场战斗兵不血刃的俘获了五十多万GDI地面部队以及其作战装备，并全歼了GDI在亚洲的所有远洋战舰。可这两支舰队不过是GDI海军四分之一的兵力而已，似乎为此付出的代价有些太过巨大了些。
在解决了这一计划中最大的麻烦后，接下来的故事就可以毫无顾忌的按照原始剧本继续进行下去了。城内的混战最终以nod大获全胜宣告结束，而此刻正在指挥中心做最后一搏的杰克上校也在打光自己手枪的所有子弹后，被冲进来的数名nod士兵最终制服。
而紧跟着进来的一位军衔极高带着面具神秘nod指挥官一面向此刻仍然处于连线状态视屏通讯器中对GDI高官们大放厥词，扬言要灭韩，屠日将GDI彻底从亚洲赶出去。一面向自己的手下发尽快消灭残敌一个不留的冷酷命令。不过我们英勇的杰克上校抓住了对方分心的机会，突然出手，干净利落的打翻了看押自己的nod卫兵，并迅速从自己裤兜中拿出一发火箭助推手榴弹，随后毫不迟疑的拉响了这枚炸弹，同赶来制止的nod士兵同归于尽。而这场爆炸也让对面的通讯完全中断，只留下一片雪花，在诉说着这位英雄曾经的壮举。不一会卫星画面在nod架设完隐形塔后彻底的消失在了GDI总部的众人面前，至此整个上海市彻底的沦为了nod的后花园。
我们刚刚就任的执政官雷蒙－波义耳同学，对于杰克上校大无畏的牺牲精神甚是感动，只可惜这位英雄并不知道增援舰队最多只需要半个小时就可以到港口扭转整个局势了。而我们的这位执政官阁正想借此机会进行一场激励人心的战争演说时，灾难又一次降临在了GDI的头上。
因为此刻由间谍卫星所传回的实时画面中，每个人都可以清晰的看到十几枚nod核弹突然从天空中落到了这支舰队即将到达上海完成增援任务的庞大舰艇编队群中，当十几个堪比太阳还要明亮的火球彻底包裹住整个画面时，大家就知道这支由数百艘战舰组成的庞大增援舰队恐怕凶多吉少了。随后在核爆强大的电磁脉冲影响下画面至此彻底消失。
nod丧心病狂的举动，彻底激怒了GDI总部一众高官的情绪，除了我们的格兰杰将军对此事件深表怀疑外，其他人都希望对各地nod进行全面的核打击作战，从精神到肉体上毁灭这群邪教疯子。不过当初GDI所制定的不在使用核武器的誓言并非只是作秀那么简单。
对于从政者来说，不论任何理由谁碰这条底线都不会有什么好结果。我们高傲的雷蒙－波义耳执政官怎么可能为了那几十万人的死活去触碰极有可能让其下台的GDI安全理事会敏感的G点呢！{虽说这条命令就是这个家伙亲自下的}结果动用核武的提案自然无法得到这位执政官的认可了，可是另一项不留俘虏的决议似乎我们的执政官阁下异常坚决的赞同这条相当合理的建议.......！
几个月以后，当核爆舰队的录像被eva证实是一份伪造技术极高的虚拟全息摄影，不过这一切早已毫无任何情报价值可言了。因为此时的一切早在上个月新建立起来的中华共和国同GDI交换完双方战俘后不久，事实的真相就已经彻底揭晓了。只可惜GDI与nod为此在世界各地多打了不少场大战，使得原本就苦大仇深的双方结下的梁子再也无法调和。而这也使得双方的争斗一直持续到李峰统一全球的那一天也未曾停息过！