形势不妙，哱拜招集叛军将领们商议，哱拜假意将责任都推到自己身上，众叛将感动。刘东暘言城内粮草众多，又有几万叛军，只要坚守城池，就会有奇迹出现，同时可以搜罗城内的金银珠宝，再请求河套的蒙古部落出兵。
许朝也是拔刀砍下桌角，言道有欲降者，便如此桌。当下众叛将歃血盟誓，同生共死。哱拜又派人带着大批的金银财物，鼓动蒙古各部落出兵。
由于平虏堡参将萧如薰孤城抗贼，名扬西北，万历皇帝得知后十分欢喜，特别给予丰厚的奖赏，擢升他为宁夏镇副总兵官。
到这时候，宁夏叛军外围尽去，三月三十日，李眗率六路大军完成对宁夏城的包围。
四月五日，叛军急开东、北二门，各出精骑2000出城搏战，另派步卒列火车为营，实施防御。官军发起攻击，夺叛军火车百余辆，叛军淹死于城壕内无数。
此时吊桥未及拉起，延绥副总兵王通带着一个亲兵，名叫高丁的好汉，趁机杀入北门，不过余者的榆林镇官兵不敢跟入，只有王通二人杀入城门。土文秀一箭射中王通额头，那亲兵高丁忙将王通救了出来，叛军也赶快拉起了吊桥。
眼见朝廷重兵云集，哱拜夫人施氏责备哱拜有福不享，非要弄险。哱承恩大怒将继母施氏一把推跌在地，恨恨而去。哱拜此时也是忧心忡忡，与许朝等人商议招安一事。
魏学曾正愁粮草不继，想要退军就食，又担心叛军突围出去，投奔蒙古人，那时就遗患无穷。遂将计就计，下令停止攻击。并经常以上司对下属的口气，行文斥责哱拜等人，哱拜见朝廷还以属部相待，更是放心。
几日后，土文秀，许朝二人出城商量受降条件。哱承恩、刘东暘见官军乏粮催饷，遂率精骑潜至汉延渠，夺得官军粮饷二百余车，阻断官军补给，叛军士气又燃烧起来。
四月二十一日，官军再次组织攻城。不过因哱拜挟持庆王及随府穆来辅等官员，坚守宁夏镇城，连着攻城一月有余，毫无建树。此时哱拜又请求于著力克，著力克又组织蒙古各部，袭扰宁夏镇边境，大大增加了平叛的难度，明军难以应付，魏学曾在往灵州途中被贼围剿，幸救而得免。
魏学曾久攻不下，于是向万历帝请求以招安为主，平息战乱。万历帝大怒，特旨擢升萧如薰为宁夏镇总兵官，统一指挥延绥、甘肃、固原诸路征剿大军。又调猛将麻贵为副总兵，带兵前往助战。并赐魏学曾尚方宝剑，有畏敌避战者先斩后奏，并授旨他：“杀知府以下将官不用命者，不必上请”。
猛将兄麻贵到了宁夏，与萧如薰几番组织大军攻城，都未能得手。五月二十九日夜，萧如薰、麻贵乘风纵火，架云梯攻城。叛军以滚木垒石还击，官军死伤千数。魏学曾见强攻不克，遂采用离间计，企图从内部突破，未果。
此时万历帝已对魏学曾不满：“堂堂天朝因么么小丑遣兵累月而未奏荡平，岂不辱国？”
朝中也多有纷议，认为魏学曾乏应变之才，无力剿平祸乱。浙江道御史梅国桢上奏万历帝道：“麻贵虽勇却不敌李如松，恳请起用如松，定可收到奇功。”
顾秉谦密奏道：“李成梁父子久镇边关，飞扬拔扈，不受方镇节制。切勿前门拒狼，后门迎虎。”
万历帝有些犹豫不决，朝议有人认为李成梁父子兵权过重，李成梁不宜再握兵权。科臣王德完认为梅国桢举荐失当，存有私心。
梅国桢为表心迹，自荐愿同李如松前往宁夏平叛，并上疏道：“李氏父子当防之于辽东握兵之时，而不当防之于废弃离任之后。”
又表明自己的心迹，道：“臣自外吏入厕台班，虽怀狗马之心，未效涓埃之报。若疑徒市私恩，不顾国计，愿与成梁驰赴宁夏，同心讨贼，不必加以别衔，假以重任。”
此次上疏，梅如愿以偿，得到万历帝许可：“奉圣旨，梅国桢就着同李如松前去监军，并纪录功次。”
当时李如松为宣府总兵，由于军情紧急，万历帝急令他为提督陕西讨逆军务总兵官，并抽选辽东镇，宣府镇，大同镇，山西镇各路人马约三万人，由李如松统领，一起前往宁夏镇平叛。李如松也是大明朝中后期唯一一个由武臣担任提督者。
接到圣旨后，李如松如雨般地发出公文，要各路人马，远的来宣府集中，近的原地待命，又任命自己兄弟李如柏为先锋官，李如樟督运粮草，先期开赴前线。
与此同时，甘肃巡抚叶梦熊也主动请缨，愿意协助魏学曾平叛，他可出神炮火器战车四百辆，苗兵三千，自备粮饷前往宁镇平乱，皇帝壮其志，命其前往助战。浙江巡抚常居敬也主动请缨，愿自选一千精兵前往，也得到朝廷的嘉许。
由于山西镇也在出兵之列，而山西镇最能打的就是副总兵黄来福麾下的人马了，很快，黄来福接到兵部的公文，要他出兵两千，随同李如松一起出战。
这可是个宣扬五寨堡的好机会，当下黄来福管辖的五寨堡和老营堡，都是紧急动员起来。