不过在众人忙碌的同时，监军梅国桢却在写弹劾奏折了，他认为宁夏城之所以到现在还没攻下来，是因为各将攻城不力，相互忌功，还有三边总督魏学曾无能。
他上疏劾诸将观望，并将宁夏军中所见一一上奏：“诸将心不一，但知忌功，不肯立功……诸将口虽唯唯，无有从者，由臣望浅权轻，不足慑服，坐辱君命，虽死无补。……诸将用兵不及游戏，因知从前捷报，尽属欺罔。”
他奏折中还反应了平乱军中缺少旌旗金鼓，各军中缺少粮草，军马病饿死过半，特别重要的的是军中缺箭。他还抱怨各将不听自己的，让自己不能全力任事：“臣之官为虚设，不若早赐罢斥，得离行间……”
看了梅国桢的弹劾奏折后，万历帝自然是大怒。此时原西北经略郑洛也弹劾魏学曾几点：擅启边隙，招抚玩寇，掩败不报，举止乖方。
朝臣方从哲也鼓动言官弹劾魏学曾招抚刘东阳，许朝，停军固原十日不进，坐失战机。李眗渡河迟缓，松山，河套被鞑虏所占，我军被动。
到了这时，万历帝更是怒火不可抑止，当下下令免去魏学曾的督抚职，改由叶梦熊代领。不久后，又令锦衣卫将魏学曾逮捕入京。
万历二十年七月十七日，公元1592年8月24日。
经过城下近十万官兵的努力，到了这天，环城大堤筑成，总长1700丈。刚好这天上午，朝廷圣旨到，罢秩魏学曾，命叶梦熊代之，也授予尚方宝剑。
由于事先朝廷已接到梅国桢的奏疏，弹劾诸将观望。万历帝念师久无功。都是因为主帅纪律不严，调度失策，以至各将士皆不用命，奸误国事。所以他下令将各路兵统于一，由总督统一调度，监军专司监纪，无侵事权。
当时宁夏城下十二万大明军队，分为了几部，魏学曾统的西北四镇为一部、甘肃巡抚叶梦熊为一部、李如松领的宣府、大同等镇军为一部。督抚、监军各自为部，各有调兵权。此时城下的大明军队，才真正的指挥统一。
当天下午，新督抚叶梦熊召集魏学曾、朱正色、梅国桢，还有各镇军将们会议。叶梦熊与魏学曾大不相同，敢于杀伐决断，连一向跋扈惯的李如松也惧怕他三分，不敢不前来听命。
叶梦熊随后整肃军纪，颁布各种军令，城下的十余万大明军士，无不是肃然听命。
万历二十年七月二十一日，公元1592年8月28日。
叶梦熊下令决水灌城，立时茫茫大水向宁夏城扑去。城上叛军惶恐一片，看着城外水位不断高涨，城墙根上也不断现出裂缝，堵都堵不住，城内的哱拜，李东阳等人都是手足无措。
哱拜急忙派养子克里益突围去向河套的蒙古顺义王撦力克求援。李如松得知后，命亲将李宁追赶，斩克力益等二十九人首级，哱拜求援未成。
哱拜不死心，随后又派出部下携带黄金、绣蟒等财物，去向河套部的卜失兔求援，请他急往灵州，占据下马关，阻隔官兵饷道。
这一次，哱拜联系到了卜失兔。经过激烈的争论后，卜失兔决定出兵，他与河套部的庄秃赖联合，集兵三万，分两路增援哱拜。
一路两万人，由土昧、弭纠雷率领，进攻定边、小盐池。一路由打正率领，率一万蒙古骑兵，从宁夏后卫花马池西边的沙湃口攻入，进攻官军的侧后。
新督抚叶梦熊得知几万蒙古兵来援哱拜的消息后，兵发两路反击。
首先他命令山西副总兵官黄来福，领着自己标下的二千三百人马。还有宁夏副总兵官麻贵，领着自己标下的四千多人马，二人合兵近七千，阻击打正。二人还随带一些叶梦熊拨给的炮车相助。
此外叶梦熊判断河套部几万人来援，定然是后方空虚，他派遣董一元率兵五千，乘虚出塞，定要捣其巢穴。而且叶梦熊又派遣甘肃游击龚子敬，提苗兵八百人堵在沙湃口，到时断打正部的后路，并与出塞而回的董一元会合。
叶梦熊命令传下后，众人都是紧急行动起来。很快，黄来福和麻贵便集合自己标下的兵马，南渡黄河，往灵州城方向而去。
说实在，此次出战，是黄来福主动要求的，如果可以的话，他宁可与蒙古人野战，也不愿意再进行那残酷的攻城战了，自己的精兵，不是无意义地消耗在那的。
看到黄来福这么积极，主动去和蒙古人作战，城下各将都是惊讶，好好的在城下不好，去和蒙古人作战？那可是凶多吉少，连李如松都很惊讶。当然，看到黄来福这么勇猛，叶梦熊当然是很高兴，他大大地表扬了黄来福一番。
而听说自家大人要领兵出宁夏城到外地作战，五寨堡军队的各个将士们，从军官到士兵，个个都是欢喜得嚎叫。这些天，在宁夏城下，众人都是郁闷无比，这种攻城战，真是没一点意义，一点本领也施展不开，又拿不到军功，各人只想着什么时候可以痛快地到野外撕杀。
此时机会来了，众人个个都是摩拳擦掌，讨论着将来自己可以斩敌多少，拿到多少首级。这种好战的样子，看到城下别的军队眼中，又是一番感受。
这些天的攻城战中，五寨堡军队损失150人左右，为了补充兵源，黄来福从五寨堡辎兵中，挑选了150人补充进来。这些辎兵，虽说精锐度比城下许多大明军士要强，但却没有资格进入五寨堡军队战兵营中，此时他们被选进来，个个都是欢喜。