所以说土司制与羁勒制一样，都是当时的国之大害。其实明人官员也不是没有人明白这一点，不过俗话说会哭的孩子有奶吃，当官的都是信奉多一事，不如少一事的做官原则，境内的土人与胡人习惯以闹事来达成自己的目的，而古时官制也多是境内有人闹事，自己的官帽就不稳，所以在各地官员的姑息养奸下，明知大害，土司制与羁勒制还是成为各地通行的非汉人政策。
这样的结果，也是大明边境叛乱频繁的原因。杨应龙多年来屡屡领兵作乱祸害巴蜀地带，却被当时四川与贵州高级官员屡屡放过，便是害怕事端，姑息养奸的结果。
不过对于黄来福来说，不论是为国为己，自己都不许可土司制在播州一带死灰复燃，改土归流是为必然。他并不介意接下来播州之地会有什么反复，如当地土人再闹事，他不介意用长枪与火铳让他们明白什么叫安静与守秩序。有可能的话，他还会建议万历帝慢慢在西南与大明各地撤销所有的土司与羁勒州。
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对于黄来福的改土归流意向，四川巡抚李化龙，贵州巡抚郭子章，湖广巡抚支大可都有些异议，虽说播州之地能改土归流，对于他们也是大功一件，不过他们却是担心别处土司官们的反应，还不如保持现状为好。眼下播州刚定，可别又有什么事出来，对眼下大明来说，多一事，不如少一事不是？
不过黄来福却是决心己定，很快，他的报捷奏疏快马送入京师，上面还有自己对于播州当地的处理建议，希望在当地改土归流，并将俘虏的十余万土兵及眷属送到塞外去做苦力，一方面作为他们的惩罚，一方面也为当地减少不稳定因素，免得官兵走后，这些人又反了。同时间的，杨应龙尸体，还有他的儿子杨朝栋、杨兆龙等叛将百余人一起被装入囚车，械送京师。此外还有一部分的缴获一起送入京城内。
在等待京师回应的同时，黄来福也不闲着，在播州各地回来清理，俘虏中的土人军官头目，杨应龙亲信，当地投靠杨应龙的土人豪族等，尽数杀了，并抄没了他们的土地财产，他们的族人也尽数抓入重庆，等着送到塞外去开农场。杨氏家族经营播州数百年，在当地的势力盘根错节，不过在黄来福的严厉打击下，杨氏在当地势力一扫而空，没有任何再死灰复燃的机会。
黄来福的手段强烈震慑住了附近的土司们，这些人其实与塞外的胡人一样，都是畏威而不怀德之辈，见到杨应龙及家族如此下场，心寒之下，也不敢再生出什么异心，否则将来自己及族人就是这样的下场。黄来福的手段，让他们心下畏惧的同时也产生了另一个效果，就是历史上的奢安之乱没有再出现，这对大明与奢崇明、安邦彦等人来说，都是好事。
在黄来福清理下，播州的杨应龙及土人豪强势力一扫而空，大批手持平播债券的商民涌入播州，还有许多周边汉民也纷纷移民播州之地，到处一片喧嚣的新气象。
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播州大捷传入京师后，朝中欢腾，万历皇帝也是大喜，这黄爱卿果真是国之福将，才几个月时间，就平定了播州杨逆之乱，为自己去了一个心病。他欢喜之下，率领群臣去祭告郊庙，大臣们也是纷纷上表称贺。
一系列庆祝活动后，万历皇帝下令碎杨应龙尸，杨应龙儿子杨朝栋、杨兆龙二人被凌迟于市，余者叛将百余人被斩首，并宣告天下。杨氏自唐代入播州八百余年，自此而绝。
干完这些事后，就是论功行赏。黄来福身为平播总督，当然为首功，可惜他年纪太轻，官位太高，赏无可赏，只得传旨嘉奖，赏赐金钱财货若干，不过对于其手下的报功，却是无一不准，杨小驴升为副将，顾大刀升为游击，跟随黄来福来播的两个姐夫一样升官，种种厚恩，让百官嫉妒。除此外，李化龙，郭子章，支大可等人皆有封赏。总兵吴广、刘綎、麻锦等人也是一样的论功行赏。
不算黄来福的平播债券费银支出，此次播州之役前后费银二、三百万两，还有将士赏赐死伤都需要抚恤奖励，让国库又是一空，不过从播州及海龙囤中缴获的杨应龙积蓄足有数百万两之多，其中上交朝廷的银两就达到二百多万两之多，大大补充了国库的需求，让万历皇帝大喜，这黄爱卿每次出兵的军费都有着落，真是好啊。心喜之下，对于黄来福在播州一带为了他平播债券的所作所为，便是睁一只眼，闭一只眼了。
当然了，黄来福在奏疏中对播州当地改土归流的建议也让朝中争成一片，一股声音是对黄来福身为武人却妄议地方政务颇为不满，显然这是文官们的事。当然也有一部分人赞成黄来福的意见，在播州实行改土归流的好处大家都看得见，可以大大增加朝廷的户口与税收。
也有一部分人表示担忧与反对，言道西南各地几百年实行土司制度，虽有弊端，大体还是好的，大战之后，还是实行怀柔政策比较好，免得周边的土司们兔死狐悲，起了异心，对于黄来福的将被俘土兵及土人遣送到塞外干活更是大力抨击，言道这是不行仁政。
最后还是万历皇帝拍板决定，十一月初，他发出旨意，在播州之地实行改土归流，并将播州分为两府，一府叫平越府，划归贵州省。一府叫遵义府，继续隶属四川省。同时他还同意了黄来福将十余万被俘土兵及眷属押运塞外服役的做法。
十一月下，黄来福率两镇军队离开因大规模建设而显得喧腾一片的播州，回转自己的五寨堡。